Obowiązująca ordynacja podatkowa, w randze Ustawy precyzyjnie reguluje okres kontroli skarbowej i wszystkie kwestie związane z przedawnieniem zobowiązania podatkowego. Zgodnie z nią zobowiązanie podatkowe wobec Urzędu Skarbowego przedawnia się wraz z upływem 5 lat licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upływa termin płatności należnego podatku. Należy jednak pamiętać o kilku przypadkach, w których ogólnie obowiązujący okres pięcioletni ulega wydłużeniu.
Okres kontroli skarbowej będzie musiał być wydłużony w sytuacji, gdy podatnik rozlicza stratę podatkową z lat ubiegłych lub amortyzuje niektóre środki trwałe – takie, których amortyzacja trwa dłużej niż 5 lat. Ponadto firmy i spółki rozliczające się na zasadach CIT, którzy wykazywali stratę, a później ją rozliczali w ciągu kolejnych 5 lat będą musieli w razie kontroli wykazać się dokumentacja umożliwiającą zastosowane odliczenie. W związku z tym w skrajnym przypadku okres przedawnienia zobowiązania skarbowego może być wydłużony do 11 lat. Będzie tak w sytuacji, gdy przez kolejne 5 lat prowadzenia działalności firma rozliczać będzie stratę z 5 kolejnych lat. doliczyć również do tego okresu należy okres do końca roku kalendarzowego.
Drugim powodem wydłużenia okresu kontroli skarbowej może być sytuacja, w której podatnik dokonywał odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych przez okres dłuższy niż pięć lat. Najczęściej dotyczy to zakupu nieruchomości lub auta firmowego. Takie odliczenia stanowią koszty podatkowe i znacząco wpływają na osiągnięty przez firmę dochód lub stratę w danym roku obrachunkowym. Dlatego przedsiębiorca musi przechowywać dokumentację, za pomocą której będzie mógł uwiarygodnić wysokość odpisów podatkowych. Przedawnienie w takiej sytuacji nastąpi dopiero po upływie 5 lat od zakończenia dokonywania tychże odpisów, z końcem roku kalendarzowego.
W przypadku, gdy podatnik nie będzie mógł wykazać zasadności dokonanych odpisów podczas kontroli skarbowej, kontrolujący może zakwestionować taki odpis i nakazać zapłatę należnego podatku wraz z odsetkami oraz nałożyć grzywnę w postępowaniu karno-skarbowym. Dlatego ważne, aby w konsultacji ze swoim BIUREM RACHUNKOWYM ostrożnie przeznaczać archiwum dokumentacji firmy do utylizacji.